Avec les produits alimentaires alternatifs et l'alimentation végétarienne de plus en plus appréciés, la demande pour le soja bio augmente. En Suisse, le soja vient particulièrement bien dans les régions viticoles et dans celles où on produit du soja grain (climat chaud et pas trop sec, terrains situés à plus de 550 mètres d'altitude, sols mi-lourds et profonds avec un pH entre 6,5 et 7). Dans la rotation des cultures, le soja peut être précédé ou suivi par des céréales, des pommes de terre ou du maïs. Les variétés recommandées pour la Suisse sont Gallec, Aveline, Opaline, Protéix et Amphor. Parmi les conseils de culture et de récolte, il est à noter que cette plante est sensible à la concurrence des adventices. Un faux semis est recommandé avant le semis du soja
Le sarclage régule les mauvaises herbes et améliore l'aération du sol (favorisant le développement des bactéries des nodosités et donc la fixation de l'azote de l'air). La morelle noire (Solanum nigrum) est une mauvaise herbe à enlever à la main sur les lignes, pour éviter que ses graines salissent les grains de soja, au moment de la récolte. Un rendement de 30 qt/ha peut être atteint. Une fois nettoyés, les grains de soja bio sont transformés, selon un processus précis, en tofu bio Bourgeon suisse de haute valeur par des tofuries suisses (Noppa, à Rüti ZH, Futur Naturprodukte, à Frutigen BE).