Les Plantes Génétiquement Modifiées sont de plus en plus répandues (5 à 10 % des terres cultivées selon les sources), notamment sur le continent américain et en Asie. Au contraire, en Europe, les PGM sont encore peu développées. La coexistence sans « contamination » entre PGM et non-PGM pose en effet question. Aussi, différents programmes de recherche ont traité cette problématique. La contamination peut se produire à toutes les étapes : production de semences, culture, aval, transport
et, selon les espèces, elle peut aussi atteindre les espèces sauvages. Enfin, cette contamination reste imprévisible. Pour certains, une des solutions techniques consisterait à prévoir des zones dédiées aux PGM, mais cela nécessiterait de ré-organiser la production agricole et cela ne serait pas sans conséquences sur l'aménagement du territoire. Ceci aurait aussi un coût économique et sans doute social
Enfin, permettre l'enchevêtrement d'exploitations avec OGM et sans OGM serait aussi complexe. Par ailleurs, on note des cas de plus en plus nombreux de résistances aux PGM, ce qui peut entraîner des baisses de rendements et qui s'accompagne souvent d'une augmentation d'intrants. L'intérêt des PGM est alors moins évident. C'est pour ces raisons que la France vient encore de refuser les cultures PGM sur son territoire.