L'un des critères clés pour la mise en place de vergers durables est le choix des cultivars et des porte-greffes. Ces dernières années, la sélection et la production de cultivar moderne priorisent surtout le rendement, la taille des fruits et la couleur. Pour les producteurs biologiques, les critères les plus importants tels que la rusticité globale et la tolérance aux maladies et ravageurs ont été négligées pendant des années. La plupart des cultivars de fruits commerciaux actuellement cultivés ne sont pas appropriés aux systèmes biologiques ou aux systèmes à faible utilisation d'intrants. La principale raison est qu'ils ont été développés et sélectionnés pour des régies conventionnelles, et sans porter une attention suffisante à la sensibilité aux ravageurs et aux maladies. Généralement, les nouveaux cultivars de fruits ont tendance à révéler des caractères inattendus et souvent indésirables lorsqu'ils sont cultivés dans des vergers biologiques commerciaux. Actuellement, certaines institutions en Europe ont mis en place des approches spécifiques dans leurs programmes de sélection pour tester de nouveaux cultivars dans des conditions entièrement biologiques incluant parfois également l'évaluation de la capacité de conservation, l'acceptation des consommateurs ou les caractéristiques appropriées pour la production de jus et de cidre. Ce document donne un aperçu des approches développées dans certains pays européens, les caractéristiques, les objectifs et les résultats.
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