Le lait d'aujourd'hui subit, la plupart du temps, différents traitements physiques ou thermiques susceptibles de le dénaturer. Il est déstructuré, homogénéisé, décomposé en vue d'extraire ses différents composants. On extrait surtout la matière grasse, la caséine et le lactoserum, qui peuvent ensuite être valorisés dans d'autres industries. 99 % des laits subissent une homogénéisation à haute pression, qui provoque un éclatement total de la matière grasse et change son statut, ne permettant au lait pas d'être reconnu par notre système digestif. Cette action n'est pas la seule à rendre difficile la digestion du lait. Le lait UHT, chauffé pendant 3 à 5 secondes à une température de 135 à 170°C, voit ses flores microbiennes détruites et le calcium rendu indisponible. Les laits pasteurisés bio, qu'ils soient de vache, de chèvre ou de brebis, ne font guère exception. Ainsi, les politiques du zéro germe vont à l'inverse de la qualité du lait : les multiples agents utiles pour la digestion (anti-inflammatoires, immunostimulants, enzymes, mucines, lactopéroxydase), qui devraient normalement interagir pour que notre organisme profite de ces bienfaits, ont disparu. Les allergies au lait pourraient donc bien être avant tout une réaction à l'industrialisation du lait... De nouvelles technologies sont à l'étude (Hautes Pressions Hydrostatiques (HPH), pasteurisation douce à l'eau, inférieure à 72°). L'intérêt nutritif du lait de type A2A2 pour la santé est une piste, mais à condition qu'il soit issu de vaches en bonne santé, nourries à l'herbe et au foin, puis qu'il soit transformé en lait cru ou au maximum thermisé (<63°), transformé localement et collecté avant 60 heures de stockage en tank.
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